Ich bin mir nicht 100% sicher, ob ich das so richtig verstanden habe, aber schauen wir mal…
Wenn er deine Templates nicht einliest, könnte das durchaus daran liegen, dass er diese nicht findet. Registrieren müsstest du die z.B. über
"$this-\>container-\>get('Template')-\>addTemplateDir(DeinProjektPfad/Resources/Views)" als Reaktion auf z.B. "Enlight\_Controller\_Action\_PreDispatch\_Frontend" (oder ..\_Backend)
Allerdings könnte ich mir denken, dass du dein Plugin umschreiben musst, da Shopware nicht so flexibel zu sein scheint und starr auf die eigene Struktur besteht.
Wenn die nicht mit deinem Plugin übereinstimmt, könnte es also generell schon problematisch werden, ob die Templates nun gefunden würden oder nicht.
Hoffe das trifft in etwa dein Problem oder verweist wenigstens in die richtige Richtung.