Das Amazon Pay die IPNs an deinen Shop übermittelt ist klar, das scheint zu funktionieren, was nicht klappt, Shopware übermittelt wohl den Versandstatus nicht an AmazonPay. Kontrollier nochmals, ob der Cronjob läuft, welches Datum steht letzte Ausführung und welches Datum steht Nächste Ausfürhung.
Der Cronjob muss mit Name lauten: Amazon Pay Statusübermittlung und Aktiuon: „Shopware_CronJob_AmazonPayStatus“. Hast du eventuell 2 davon?