Das kannst du nicht vermeiden, du kannst aber die Dateien lokal entpacken und einfach per FTP manuell in den Ordner packen wo sich das Paypal Plugin befindet. Der manuelle Upload des Zips im Backend packt immer alles unter Community.
Das ist aber generell ein SW4-Problem, weil es damals Plugins gab die in “Default” gelegen haben, gibt es ab SW5 nicht mehr. Du kannst es natürlich auch deinstallieren, löschen und dann wieder installieren. Dann landet es auch in Community. Deinstallation eines Zahlungsanbieters ist aber generell immer etwas doof.