Da heute die Zahlung noch immer auf Pending steht, habe ich mal den Stripe Support kontaktiert. Folgende Rückmeldung:
Hallo Daniel,
vielen Dank für deine E-Mail. Mein Name ist Denise und ich unterstütze unsere Nutzer in der DACH-Region.
Bei einer SOFORT Zahlung wird die Zahlung leider nicht sofort garantiert, auch wenn der Name das vielleicht vermuten lässt. 
SOFORT zählt zu den sogenannten asynchronen Zahlungsmethoden. Du kannst auf folgendem Link eine gute Übersicht hierzu finden:
https://stripe.com/docs/sources/payment-methods#supported-payment-methods
Es kann bis zu 14 Tage dauern, bis der Status von ‘pending’ zu ‘succeeded’ geändert wird. Wenn die Zahlung innerhalb dieser Zeit nicht erfolgreich ist, ändert sich der Status zu ‘failed’. Du kannst mal einen Blick auf folgenden Link werfen, für mehr Infos hierzu:
https://stripe.com/docs/sources/sofort#charge-confirmation
Ich hoffe, das hilft dir weiter. Wenn du noch andere Fragen hast, kannst du dich jederzeit gerne wieder melden. Ich bin nur eine E-Mail entfernt.
Beste Grüße
Denise
Zuvor hatte ich den Kunden kontaktiert ob er mal schauen könnte ob die Zahlung beim ihm runter ist. Dieser hat mir nun einen Screenshot zukommen lassen, dort ist eindeutig zu sehen dass die Zahlung beim ihm runter ist. Ist also doch völliger Blödsinn, dass die Zahlung nicht gebucht wird wenn diese bereits einwandfrei beim Kunden eingezogen wurde, wo ist die Zahlung denn nun in Parallelwelten!? Was soll man denn da nun dem Kunde erzählen…
Haben andere hier selbe Erfahrungen gemacht? Ich hatte damals auch mal Sofort direkt übe deren eigenes Plugin installiert, da wurde die Zahlung immer sofort gebucht und kenne das selbst auch nur genau so. Leider hatten die sich dann damals ewig Zeit gelassen Ihr Plugin auf die aktuelle Shopware Version anzupassen sodass ich es dann rausgeschmissen hatte. Hatte nun eigentlich gehofft dass es in Verbindung mit Stripe nun auch so gut läuft wie bei einer Kreditkartenzahlung per Stripe.