Habe ich auch bereits gemacht.
Allgemein ist euer Update-System eher schlecht als recht, es ist komplett auf mod_php ausgelegt.
Der Server rennt mit cgi, also nicht www-data sondern eigene User, Stichwort chmod der Files (maxi 644 Files, max 755 dirs)
Am Ende des Prozesses unter oben genannter URL recovery/update sagt er man solle das update-assets Verzeichnis löschen, wurde getan per Shell, dennoch Wartungsmodus aktiv…