ich empfehle dir den Update-Weg, da nur so alle Daten migriert werden können. Bestellungen bspw. lassen sich im Standard nicht installieren, genauso wenig wie Einstellungen oder Inhalte. Generell kannst du in einer Test-Systeme das Update durchführen, und durchgeführte Änderungen protokollieren. Am Tag X wird dann der Liveshop im Wartungsmodus versetzt, damit die getätigten Änderungen sowie die Updates im Live System durchgeführt werden können. So behälst du deine Daten-Konsistenz und kannst wie gewohnt fortfahren.
Dann solltest Du zuerst die vielen Fehler debuggen und beseitigen; bzw. den ServerB mal genau unter die Lupe nehmen was da schief läuft. Denn was nutzt eine neue Install, wenn der neue Server nicht optimal läuft…